处理公司上班迟到扣款时，特殊情况会影响结果，以下详细说明：
1、公司未依法制定或公示迟到扣款制度。根据法律规定，用人单位规章制度需经民主程序制定、不违反法律政策且向劳动者公示，否则不能作为管理依据。若公司未经上述程序扣款，属于无故克扣工资，员工有权要求返还。员工只需证明存在扣款事实及自身未收到或知晓合法有效的扣款制度，即可主张扣款违法。
2、员工因不可抗力或紧急情况迟到。不可抗力是不能预见、避免且克服的客观情况（如地震致交通中断），紧急情况如员工或其近亲属突发疾病需紧急就医等。此时迟到非主观故意或过失，公司仍按常规扣款可能显失公平。员工应及时说明情况并提供证明（如医院诊断证明、交通部门事故证明等），公司应酌情处理，而非机械执行扣款规定。
3、扣款后工资低于当地最低工资标准。即使公司制度合法且员工迟到无正当理由，若扣款后实际工资低于最低工资标准，扣款行为仍违法。最低工资标准是法定工作时间内提供正常劳动的最低报酬，公司需补足差额，否则员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
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公司上班迟到扣款可能存在法律风险，以下列举风险点及举例说明：
1、规章制度不合法导致扣款无效。若公司迟到扣款制度未经过民主程序制定或未公示，制度无法律效力，以此为依据的扣款行为无效，公司需返还扣除工资。例如某公司自行制定扣款规定，未经职工代表大会讨论且未告知员工，直接从工资中扣除迟到罚款，员工申请仲裁后，仲裁委认定扣款无效，裁决公司返还工资。
2、扣款金额不合理引发违法风险。即使公司制度合法，若扣款金额超过法定限度，也面临法律风险。根据《工资支付暂行规定》，每月扣除部分不得超过当月工资的20%，扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准的，按最低工资标准支付。比如小明月工资5000元，当月因多次迟到被扣款1500元（占30%），超过20%的法定上限，小明可要求返还多扣的500元（5000×20%=1000元，1500-1000=500元），公司拒绝的话，小明可通过法律途径维权。
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公司上班迟到扣款是否合法，需结合具体情况判断：
劳动法规定，用人单位不得无故克扣劳动者工资。
若公司有合法制定且已公示的迟到扣款制度，则可能合法：该制度经民主程序制定，不违反法律政策且向劳动者公示后，可作为劳动争议案件审理依据。若制度明确迟到处理方式（含合理扣款标准），按此执行的扣款行为可能被认定合法。
若公司未合法制定或未公示相关制度，则扣款不合法：即使制度有迟到扣款规定，因缺乏合法性基础而无效，此时扣款属于无故克扣工资，违法。
若扣款金额不合理（超过法定限度或导致工资低于最低工资标准），相应部分不合法：即使制度合法，若每次迟到扣款超过当月工资20%，或扣除后工资低于最低工资标准，超过部分或低于标准的扣款行为违法。
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公司上班迟到扣款是否合法，可依据相关法律规定判断：
《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”表明用人单位原则上不得克扣工资。《工资支付暂行规定》第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同约定要求赔偿经济损失。赔偿款从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%；扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准的，按最低工资标准支付。”
在迟到场景中，若劳动者迟到未给公司造成经济损失，公司直接以迟到为由扣款，可能违反《劳动法》第五十条“不得克扣”的规定。若公司主张因迟到造成经济损失而扣款，需依据《工资支付暂行规定》第十六条，确保每月扣除不超过当月工资20%，且扣除后工资不低于最低工资标准。同时，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第十九条，公司迟到扣款制度需经民主程序制定、不违反法律法规且已公示，才能作为扣款依据。综上，公司上班迟到扣款需同时满足：有合法公示的规章制度、因迟到造成经济损失、扣款金额符合法定限制，否则即为违法克扣工资。

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